Sejak diberlakukannya Masa Darurat Bencana Corona di Indonesia, Pemerintah terus melakukan berbagai upaya dalam pencegahan dan penanggulangan wabah COVID-19. Balai Besar POM di Jayapura telah bekerja sama baik dengan Pemerintah Daerah maupun dengan pihak lain dalam memerangi wabah COVID-19. Dalam upaya percepatan pengujian COVID-19 di Provinsi Papua, Balai Besar POM di Jayapura turut aktif melakukan pengujian sampel berupa RNA Specimen COVID-19 yang telah diekstraksi oleh Laboratorium Balai Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Papua.
Kegiatan pengujian specimen COVID-19 ini diawali dengan pelatihan bersama Balai Besar POM di Jayapura dengan Balai Litbangkes Pada Tanggal 5 Mei 2020. Kegiatan dilakukan dalam bentuk praktikum yang diikuti oleh 8 personil Balai Besar POM di Jayapura dan 2 instruktur dari Balai Litbangkes. Sampel yang dibawa oleh Balai Litbangkes berjumlah 9 sampel dengan kode tertentu. Pelatihan ini sekaligus sebagai langkah awal untuk uji banding dimana Sampel tersebut sebelumnya sudah diuji oleh Balai Litbangkes dan sudah diketahui hasilnya. Sampel kemudian diuji oleh tim covid BBPOM Jayapura dengan metode uji yang telah dipelajari dengan menerapkan Good Laboratory Practice (GLP). Setelah dilakukan analisis PCR, terlihat bahwa hasil uji yang dilakukan oleh BBPOM Jayapura sama dengan hasil uji yang dilakukan oleh Balai Litbangkes.
Setelah kegiatan pelatihan tersebut, BBPOM Jayapura melakukan uji sample RNA specimen covid-19 yang disiapkan oleh Balai Litbangkes secara mandiri. Hingga Bulan Juli 2020 sudah lebih dari 2000 sampel yang diuji di Laboratorium Balai Besar POM di Jayapura.